I Certificati Verdi (CV) relativi alle produzioni antecedenti al 2013 vengono rilasciati a consuntivo a meno che siano stati ottenuti a preventivo, in questi casi si procederà con la compensazione. Il GSE dopo aver verificato i dati forniti dai produttori, emette i Certificati Verdi spettanti, arrotondando la produzione netta di energia al MWh con criterio commerciale. I produttori che hanno richiesto l'emissione di Certificati Verdi a preventivo sono tenuti a compensare l'emissione e ad inviare copia della dichiarazione annuale di consumo presentata all'Agenzia delle Dogane, attestante l'effettiva produzione di energia elettrica realizzata nell'anno cui si riferiscono i Certificati Verdi come riportato nella “Procedura applicativa per l'emissione, la gestione e il ritiro dei Certificati Verdi".
I CV relativi alle produzioni per gli anni 2013-2014-2015 possono essere emessi solo a conguaglio, presentando sul Portale la richiesta alla quale allegare la documentazione riportata sulla “Procedura applicativa per l'emissione, la gestione e il ritiro dei Certificati Verdi".
Il GSE rilascia i CV per 15 anni agli impianti entrati in esercizio in data successiva al 31 dicembre 2007 moltiplicando l'energia netta «EI» riconosciuta all'intervento effettuato per le costanti indicate dalla Tabella 1 della Legge Finanziaria 2008 (aggiornata dalla Legge 23/07/2009 n.99). I CV sono emessi in funzione dell'energia netta prodotta dall'impianto «Ea». Quest'ultima rappresenta l'energia lorda misurata ai morsetti dei gruppi di generazione, a cui si sottrae:
- l'energia elettrica assorbita dai servizi ausiliari,
- le perdite dei trasformatori;
- le perdite di linea fino al punto di consegna dell'energia elettrica alla rete con l'obbligo di connessione di terzi.
L'energia netta prodotta «Ea» non viene utilizzata come riferimento per il calcolo del numero dei CV spettanti nei casi in cui siano stati realizzati interventi impiantistici -
come ad es. nuova costruzione, riattivazione, potenziamento, rifacimento totale o parziale - che danno diritto a ottenere l'incentivazione di tutta o di parte dell'energia elettrica netta prodotta, come previsto dal DM 18/12/2008.