Le competenze operative e gestionali del sistema di incentivazione dei biocarburanti sono attribuite al Ministero dello Sviluppo Economico che le esercita anche avvalendosi del GSE e di un apposito Comitato tecnico interministeriale.
Il DM 10 ottobre 2014, così come modificato dal Decreto 2 marzo 2018, disciplina le modalità di attuazione degli obblighi di immissione in consumo dei biocarburanti posti in capo ai soggetti obbligati, operatori economici che immettono in consumo benzina e gasolio e che hanno l’obbligo di immetterne una parte sotto forma di biocarburanti.
La verifica degli obblighi di immissione in consumo è gestita dal GSE che opera, per conto del Ministero dello Sviluppo Economico, nell’attuazione esecutiva delle varie fasi del sistema: acquisizione dei dati relativi all’immissione in consumo di carburanti e biocarburanti, emissione dei CIC, raccolta ed elaborazione dei dati sulle emissioni di CO2 dei soggetti obbligati, monitoraggio dell’assolvimento dell’obbligo e redazione della reportistica di settore.

Il biometano e tutti i biocarburanti sono valevoli di incentivo solo se rispettano quanto previsto dal Decreto del Ministro dell’ambiente e della tutela del territorio e del mare del 23 gennaio 2012 e s.m.i. per quanto concerne la certificazione della sostenibilità.